Al inicio de la colonia se estableció la institución de la encomienda, por la cual el rey otorgaba el derecho a un súbdito español, llamado encomendero, para recibir el tributo que los índigenas debían pagar a la Corona; a cambio, el encomendero debía cuidar el bienestar de los índigenas en lo espiritual y en lo terrenal. Muy pronto la encomienda se transformó en un sistema de trabajo forzado. Paulatinamente fue surgiendo el trabajo asalariado, como el peonaje.
Por su parte los indígenas de la época intentaron mantener como organización económica el módelo Prehípanico: LA COMUNIDAD. Se crearon las cajas comunitarias donde se guardaba el dinero del común, algo muy similar a las cajas populares actuales; el patrimonio principal de de las comunidades eran sus tierras y su posesión era para el común aprovechamiento, lo que favorecía la unión social de los índigenas.
Sin embargo, fue la minería la actividad económica con mayor fuerza en el periódo coloníal, debido principalmente al pensamiento económico predominante de la época,en el sentido de que la riqueza de las naciones residía en la acumulación de metales preciosos. La corona Española impulsó la actividad minera también como un instrumento de dominación económica en sus nuevos territorios.
Otra de las industrías que tambíen sobresalió durante la época de la colonia fue la industía textil que principalmente producía telas de lana algodón, frazadas y sombreros, que mantenía precios competitivos mediante la explotación de la mano de obra.